Lidské tělo je obýváno biliony mikroorganismů. Tyto mikroskopické organismy tvoří takzvaný mikrobiom, který se nachází v mnoha částech lidského těla: v plicích, slinách, žlučových a pohlavních cestách a nakonec v zažívacím traktu.

Za normálních podmínek je bakteriální flóra v dokonalé symbióze s organismem. V tomto symbiotickém vztahu mezi lidským tělem a střevní flórou poskytuje člověk (hostitel) nestrávený materiál k udržení bakterií. Na oplátku plní mikroorganismy (symbionty) různé funkce užitečné pro člověka. Když bakteriální flóra a organismus žijí v dokonalé harmonii, říká se tomu eubióza.

V průběhu posledních dvaceti let se vědci z celého světa stále více zaměřovali na objevování síly a důležitosti mikrobiomu. Díky tomu byla lépe pochopena jeho role v lidském těle.

V případě mikroorganismů gastrointestinálního traktu se vztah vzájemné symbiózy s lidmi projevuje v možnosti usadit se v prostředí s konstantní teplotou a bohatým na živiny. Na druhé straně tento vztah člověka s mikroorganismy má pro lidské tělo symbiotické výhody. Mikroorganismy, které tvoří střevní mikroflóru, umožňují lidem získávat energii z potravy jejich metabolickou přeměnou. Dalším klíčovým prvkem je ochranná role. Bakterie střevního mikrobiomu podporují správnou regulační funkci imunitního systému prostřednictvím interakcí uvnitř sliznice, chrání před cizími mikroby tím, že působí jako hlavní linie odolnosti vůči kolonizaci exogenními bakteriemi a omezují nadměrný růst patogenních bakterií.

Mikrobiom každého jednotlivce se utváří od narození a formuje se v příštích několika letech. Studie ukázaly, že soubor mikrobů se může lišit od člověka k člověku, přičemž někteří lidé mají větší škálu bakterií než ostatní. Rozdíly v rozmanitosti mohou souviset například se stravovacími návyky, užíváním určitých léků nebo jinými faktory. Stále více údajů a výsledků výzkumu naznačuje velký význam mikrobiomu pro správné fungování lidského těla a významný vliv mikroflóry na celkové zdraví a náchylnost k rozvoji mnoha nemocí.