Ljudsko tijelo naseljavaju trilijarde mikroorganizama. Ti mikroskopski organizmi čine takozvani mikrobiom koji se nalazi u mnogim dijelovima ljudskog organizma: u plućima, slini, bilijarnom i genitalnom traktu i u probavnom traktu.
U normalnim uvjetima bakterijska je flora u savršenoj simbiozi s organizmom. U ovom simbiotskom odnosu između ljudskog organizma i crijevne flore, čovjek (domaćin) omogućava neprobavljeni sadržajl koji održava hrani bakterije i tako ih održava na životu. Zauzvrat, mikroorganizmi (simbionti) obavljaju razne funkcije korisne za ljudski organizam. Savršeni sklad bakterijske flore i organizma nazivamo eubioza.
Tijekom posljednjih dvadeset godina znanstvenici širom svijeta sve se više posvećuju otkrivanju važnosti i snage mikrobioma za ljudski organizam. Zahvaljujući tome, njegova je uloga u ljudskom tijelu danas bolje shvaćena.
U slučaju mikroorganizama probavnog trakta, odnos međusobne simbioze s čovjekom (domaćinom) očituje se u mogućnosti naseljavanja u okruženju s konstantnom temperaturom bogatom hranjivim tvarima. Mikroorganizmi koji čine crijevnu mikrofloru omogućuju ljudima dobivanje energije iz hrane tako što ih mikroorganizmi mikroflore metaboliziraju. Drugi ključni element je zaštitna uloga koju mikrorganizmi pružaju. Bakterije crijevnog mikrobioma potiču pravilnu regulatornu funkciju imunološkog sustava interakcijama unutar sluznice, štite od stranih mikroba djelujući kao glavna linija otpora kolonizaciji egzogenim bakterijama i ograničavaju pretjerani rast patogenih bakterija. Mikrobiom svakog pojedinca stvara se rođenjem, oblikuje tijekom prvih nekoliko godina života, i kod svakog je pojedinca sastavljen različito. Studije dokazuju da se skup mikroba razlikuje od osobe do osobe, te da neki ljudi imaju veću raznolikost bakterija od drugih. Varijacije u toj raznolikosti mogu se povezati, na primjer, s prehrambenim navikama, uzimanjem određenih lijekova ili pak drugim čimbenicima. Sve više podataka i rezultata istraživanja ukazuje na veliku važnost mikrobioma za pravilno funkcioniranje ljudskog organizma i značajan utjecaj mikroflore na opću dobrobit i osjetljivost na razvoj mnogih bolesti.
