Ciało człowieka zamieszkują tryliony drobnoustrojów. Te mikroskopijne organizmy tworzą tak zwany mikrobiom, który występuje w wielu częściach ludzkiego organizmu: w płucach, ślinie, drogach żółciowych i płciowych czy wreszcie w przewodzie pokarmowym.
W normalnych warunkach flora bakteryjna jest w doskonałej symbiozie z organizmem. W tej symbiotycznej relacji między ludzkim organizmem a florą jelitowa, człowiek (żywiciel) dostarcza niestrawionego materiału do utrzymania bakterii. W zamian mikroorganizmy (symbionty) pełnią różne pożyteczne dla człowieka funkcje. Kiedy flora bakteryjna i organizm żyją w doskonałej harmonii, nazywa się to eubiozą.
W ciągu ostatnich dwudziestu lat naukowcy z całego świata coraz bardziej skupiali się na odkryciu potęgi i znaczenia mikrobiomu. Dzięki temu lepiej poznano jego rolę w organizmie człowieka.
W przypadku mikroorganizmów przewodu pokarmowego związek wzajemnej symbiozy z człowiekiem przejawia się w możliwości zasiedlenia środowiska o stałej temperaturze i bogatego w składniki odżywcze. Z drugiej strony, z tego związku człowieka z mikroorganizmami, wynikają symbiotyczne korzyści dla ludzkiego organizmu. Mikroorganizmy tworzące mikroflorę jelitową umożliwiają człowiekowi czerpanie energii z pokarmów dzięki metabolizowaniu ich przez mikroorganizmy mikroflory. Innym kluczowym elementem jest rola ochronna. Bakterie mikrobiomu jelitowego sprzyjają prawidłowej czynności regulacyjnej układu odpornościowego poprzez interakcje w obrębie powierzchni błony śluzowej, chronią przed obcymi drobnoustrojami, działając jako główna linia odporności na kolonizację przez bakterie egzogenne i ograniczają nadmierny rozwój bakterii chorobotwórczych.
Chociaż u każdej osoby mikrobiom tworzy się w momencie urodzenia i kształtuje przez kolejnych kilka lat, poszczególne mikrobiomy mają odmienny skład. W badaniach wykazano, że zestaw drobnoustrojów może różnić się w zależności od osoby, przy czym u niektórych osób różnorodność bakterii jest większa niż u innych. Zmiany różnorodności mogą wiązać się np. z nawykami żywieniowymi, przyjmowaniem pewnych leków lub z innymi czynnikami. Coraz więcej danych i wyników prac badawczych wskazuje na duże znaczenie mikrobiomu dla prawidłowego funkcjonowania organizmu człowieka oraz na istotny wpływ mikroflory na ogólny stan zdrowia i podatność na rozwój wielu chorób.
